明末年間，鄭成功嶺台時，麾下部將屯田札營仁武庄，觀察庄里地形東高西低，走勢斜陡，龍脈氣旺，是一福地，唯水神騰躍，恐妨生養將息，遂採堪輿之言在里中央（現址）建福德祠供俸福德正神，鎮守水口，以防災厄。自是軍眷安居繁衍及閩南移民集結，庄里人多物盛一片繁榮。其中有一福建省泉州府安溪縣陳氏，隨身奉請清水三祖師金身，渡台安置自宅奉祀。祖師時有顯靈，祐民護境，是故信徒日眾香火鼎盛。後經眾議恭請祖師金身安座福德祠，與福德正神同受膜拜，並將茅祠整建木造土牆，雖簡陋但具廟貌矣，（經記載康熙二十八年西元一六八九年）同時奉祖師諭明「福清宮」乃取福德正神在先，清水祖師在後之意也。
本宮在道光，光緒集民國三十一年（西元一九四二年）繼有增修，是時僅虎側有廟廂，迨民國三十五年劉大樹、胡奉武捐獻毗鄰土地，才得增龍側廟廂。（此外亦奉祖師諭於乾隆、民國三十五年、三十七年先後興建鎮南、鎮東、鎮西福德祠守護本境，皆隸屬本官統一管理）。民國四十七年再議重修，修建主任委員沈石順、副主任委員黃烏豆、鄭繒，延聘名師精心設計，四十九年修建竣工，廟觀新穎，更具規模矣。
創建時間：民國前200年建
民國81年重建 地 址：文化巷76號
民國八十一年農曆正月初四往林園鄉清水岩進香回駕安座后，祖師諭重建，董監事會當場接納，同時二月十一日信徒大會議決通過，交第五屆董監事會聘地方仕紳組成重建委員會，聘梓官鄉黃明遠設計，三月二十九動土，五月二十九開工，歷五載有餘，集善男信女心力耗資近億，終底而成，廟殿巍峨，巧雕細鏤，金碧輝煌，可謂富麗堂皇。