本鄉居住於竹後村的基督徒原先在仁武教會禮拜，一九七六年九月間，為便利老弱婦儒敬拜天父上帝，就近留在竹後村的農友中心聚會（早前是台南神學院所創設），後來經由仁武教會接納該會為支會。
該會於一九七七年一月廿五日升格為堂會，全名：「台灣基督長老教會竹門教會」，同月即以平時教徒聚會之農友中心為建地，增建二樓做為禮拜堂。，同年五月十二日禮拜堂竣工後，更積極展開傳道工作，期能更進一步與附近新興社區打成一片。一九八五年一月十三日破土興建教育館，藉著教育館來發揮幼教與社區教育之功能。